自明代中叶以后，督抚成为地方一级实职，总管地方军事、钱粮、刑名，权力很大，很大程度上削弱了中央权威，朝廷派巡按御史对其进行监控。清承明制，入关后施行巡按御史制度，即派遣品秩不高的御史巡视地方，稽查地方政务得失，成为监察地方大员的一项重要举措。清初围绕巡按御史的废存曾引发争议。

最早关于清代巡按的记述为顺治元年五月，顺天巡按柳寅东向摄政王多尔衮建言，称近来选拔的官员，竟然录用了明朝犯赃除名的流贼伪官。这种流品不清、奸欺得售，并非慎加选官之道。多尔衮认为，既然归顺了朝廷，就不必苛求。（《清世祖实录》顺治元年五月）自柳寅东上奏后，巡按或建言或办理政务，涉及到了地方各层事务。

顺治初年，清军与农民军的战争尚未结束，地方时有为清军守城牺牲，拒不投降者，为表彰宣扬节烈，巡按一般将这些事情汇报中央。如顺治元年二月，山西巡按黄徽允奏言，殉难巡抚蔡懋德在农民军渡河时，知势不能为、自缢身死。总兵周遇吉日夜血战，杀贼过万，及矢石已穷磔死战场。虽然所报不免夸张，为了收买人心，表彰忠烈，清廷一般都予以允准。

一些忠烈的行径会直接得到巡按的表彰。淮扬巡按姜金允称宿州民众张图宪长女年十六，次女年十四，农民军劫掠地方，二女及兄国俊、妻龚代俱登楼缢死。怀远县生员李本妻段氏，明崇祯时兵乱，避居南安乡，为贼掳走，誓死不从。《清世宗实录》记载的这类事件很多，往往都是女子贞烈的故事。

满人入主中原，对于管理国家的典制不甚熟悉，巡按多为汉员，一般具有较高的文化素养，针对刚刚建立的清王朝，时常提出一些施政意见。山东巡按朱朗鑅就对官员的服装提出过建议，他认为衣冠礼乐是官员的形象，有些官员服饰不得体，以致民众竟将文德兴教之官疑为统兵征战之将。多尔衮认为此时最重要的事是兵务，各种官服姑依明式，仍遵旧例，战事告一段落再行定制。

巡按巡查地方，遇有贪污不法之官，揭露其罪行，也是其任内重要职责之一。顺天巡按柳寅东疏劾守备杨嘉祉，交通贼首张春宇等大肆焚劫，为害居民，多尔衮下令逮送法司究问。江南巡按秦世祯劾奏江宁抚臣土国宝徇庇贪污，多尔衮命革职严讯。

清朝统治者建立政权后，面临最大的问题即赋税钱粮征收，以便补给军需，维护国家日常运转，巡按至各地，询问民间疾苦，酌议钱粮赋税。真定巡按卫周允称，巡行各处极目荒凉，地亩荒芜，旧额钱粮都难以交上，百姓流亡十居六七。他建议彻底清查土地和人丁，则钱粮不愁。除此之外，屯田、盐法等有关赋税项目都在巡按的奏报范围。

派往地方的巡按品秩不高，权力却很大，易于骄纵，滋生腐败。出于对巡按的管控和监察，清廷制定了诸多禁令，以约束巡按。一些不成文的规定包括巡按一经点差，即不得见客、不收书、不用投送书吏员役、不交接宴会饯送，出都门不能逗留，沿途及境内私书私馈概不得滥行收受。诸如此类、难以枚举。

顺治十八年正月，对于巡按的约束条款增加到十条，更加周详。一、禁地方官谄媚巡按，私派供应。二、察州县官于额外私派，果有即行纠参。三、巡按被衙门及科道访察纠参，从重处分。四、纠参大贪，若以庸冗老病塞责，将该御史从重治罪。五、巡按差满后册报具奏，真实者以优等论叙，草率虚诳者予以惩处。六、御史故为宽纵衙蠹，诈取财物，当地巡抚即行纠参。七、巡按入境及出巡地方，铺陈等物应自携带。八、巡按入境后，属员不得越境参谒。九、御史倘有不法，而督抚明知不纠者，一并议处。十、考核御史立为上中下三等。（《清圣祖实录》卷一）

即使清廷出台了严厉的法规，可巡按违法屡禁不止，顺天巡按顾仁贪赃即是其中一例。顾仁于顺治十二年委任顺天府巡按，临行之前，顺治帝曾将其召至太和殿面谕，称“遣尔等往巡直省，朕即倚为耳目手足”，“若不法受贿负朕委任，朕则不拘常律，虽赃数无多，定行正法”（《清世祖实录》卷九十五）。不料顾仁辜负顺治帝一片苦心，当年十月十九日，有吏部书吏章冕刎颈叩阍，告顾仁贪赃悖逆，陷害无辜。

起初顺治帝还坚信顾仁为清官，恐章冕所告未实，亲自研审，结果令顺治帝大为光火。顾仁在任期间，许诺章冕职务，索取贿赂，可并未兑现承诺。又恐章冕报复，百般设计陷害，将其入狱，运作不发顺天府审问，而远发真定府，以便杀人灭口，不想章冕中途逃脱衙役看守，以自杀叩阍，事情得以暴露公众。顺治帝以顾仁寡廉鲜耻，即行正法。

顺治朝自设立巡按始，即争议不断，几经停废。巡按罢废与其自身贪污腐败有一定关联，即便顾仁案发生后，顺治帝反复告诫，依然不能整饬风气。顺治十三年，刑部奏原任山西巡按刘嗣美，侵用赃银三千五百两，鞫审得实，照律戍边。十七年六月，都察院以云南用兵用饷过多，请求停止巡按派遣，顺治帝令大臣具奏，引发巡按存废之争。

和硕安亲王岳乐等认为连年轮差御史，贪官未见止息，民困未见全苏，盗贼未见消弭，地方未见安堵，往返迎送糜费徒多，建议停止在外巡按事务，将其职责归巡抚管理。吏部侍郎石申等认为巡按事关重大，非督抚所能替代。因劳民停止，但恐停差之后，督抚无人互纠，钦办案件无人互审，建议仍照其旧，令都察院慎选差遣，严加考核，不时察访。

争论双方各持己见，支持设立巡按的大都是汉人，反对者多为满人。原因就在于巡按的存在严重干涉了满人的特权。清初各地的总督汉军旗人居多，巡抚满员占半数。而巡按御史的派遣，更多的是对总督和巡抚形成监督，限制地方官的权力，因此影响了满人的利益。史家谈迁就指出，罢巡按“盖满人意以巡使掣其肘也”。

双方僵持不下，都察御史陆光旭上言，指出巡按废除，督抚无人纠参，贪墨无人参劾，钦办案件无人办理，民情不能上达。若以个别巡按的枉法，而否定一项制度本身，则难以令人信服。顺治帝认为陆光旭说的在理，经议政王大臣会议，巡按继续派遣，巡按停废之争告一段落。几个月后，年仅二十四岁的顺治帝病逝，四大臣辅政，“率祖制、复旧章”，打压汉官势力。不久，都察院将各省巡按差停止，事务交与抚台，巡按御史制度至此废除。盛世之下，中央集权管控的督抚尚且安静，至晚清内轻外重，各地督抚控制财权军权，尾大不掉，巡按的缺失造成督抚权力监督失控，产生了深远影响。

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