限制酶切割位点：基因工程中来的构建基因表达载体需用到限制酶和DNA连接酶，源限制酶会识别限制酶切割位点（即某个DNA序列，如AACC--TTGG，当然，不同的限制酶作用位点不一）。限制酶能将磷酸二酯键切断，不是随便切断，而是特定的。

限制酶全称限制性核酸内切酶：一种在特殊核甘酸序列处水解双链DNA的内切酶。Ⅰ型限制性内切酶既能催化宿主DNA的甲基化，又催化非甲基化的DNA的水解；而Ⅱ型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解。