核酸采集操作流程是：核酸检测前需要登记核对被采样人的信息，然后进行样本采集。常见的样本采集包括咽拭子（包括口咽拭子和鼻咽拭子）、眼结膜拭子、血液样本、粪便样本和支气管或肺泡灌洗液采集等。采集方式的选择主要取决于病毒在人体内的分布规律，同时还要结合临床症状和实际操作过程中的便捷性。对于新冠病毒核酸样本的大规模采集口咽拭子和鼻咽拭子是比较合适的采集方式。这两种采集方式是指通过用棉签擦拭咽和扁桃体的方法取出被采样人呼吸道的分泌物进行病原学的检查。
咽部包括鼻咽、口咽、喉咽，它们的黏膜是连续的，且均属于上呼吸道的区域。咽部是人体呼吸过程中气体的必经之路，吸入呼出的气体若是带有病毒容易在咽部残留。
口咽拭子和鼻咽拭子具有操作简单便捷的优点，方便医护人员快速进行样本的采集节约采集时间。其中与口咽拭子相比，鼻咽拭子能够采集到的病毒含量更高，所以更加准确。
取样的深度和与黏膜接触的时长是鼻咽拭子和口咽拭子取样是否成功的关键。如果取样深度或时间不够，会因没有获得足量的标本而造成核酸检测假阴性的结果。
样本采集完成后，需要放入核酸样本运输箱（生物标本运输箱）进行低温保存和运输，防止样本在检测前因长时间处于高温而被降解而造成假阴性的结果。
检测人员在生物安全柜内取出样本，在进行信息核对后将样本进行加热灭活，使病毒失去感染能力。灭活后对样本进行病毒核酸提取和实验检测。