苍蝇的眼睛是复眼，是一种由不定数量的小眼组成的眼睛。主要在昆虫及甲壳类等节肢动物的身上出现，同样结构的器官亦有在双壳纲身上也会出现，而且复眼中的小眼面一般呈六角形。
苍蝇的复眼约由4000个小眼组成，蝶、蛾类的复眼约有28000个小眼。小眼面的大小，不但在不同种的昆虫中不同，而且同一个复眼中不同部位的小眼面也可不同，如雄性牛虻，复眼背面的小眼面较大；有些毛蚊，其前后部的小眼面的大小也不同，可划分为两个区域。这些变化与它们的生活习性等有关。
复眼是相对于单眼而言的，是昆虫的主要视觉器官，通常在昆虫的头部占有突出的位置。多数昆虫的复眼呈圆形、卵圆形或肾形。它由多数小眼组成。每个小眼都有角膜、晶椎、色素细胞、视网膜细胞、视杆等结构，是一个独立的感光单位。