等位基因一般指位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因，它可能出现在染色体某特定座位上的两个或多个基因中的一个，若一个座位上的基因以两个以上的状态存在，便称为复等位基因。
等位基因，又称对偶基因，是一些占据染色体的基因座的可以复制的脱氧核糖核酸。大部分时候是脱氧核糖核酸序列，有的时候也被用来形容非基因序列。